ГУ Центр "Семья" взаимодействует с краевыми образовательными учереждениями, такими как Кадетская школа-интеренат, ЗабКГИ, ЦППМС "Дар", ЗабКИПКРО, взаимодействует с муниципальными управлениями образования районов Забайкальского края. В рамках профилактической деятельности ГУ Центр "Семья" взаимодействует с РУ ФСКН по Забайкальскому краю, ГУЗ "Краевой наркологический диспансер", ГУЗ "ККВД", ГУЗ КЦ "Спид", ГУЗ "Краевой центр медицинской профилактики".